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核酸及其衍生物

碱基及其配对

碱基配对计算

根据查戈夫法则,一条双链 DNA 分子中,嘌呤碱基数等于嘧啶碱基数(即 \(\mathrm{A + G = T + C}\))。

沃森-克里克规则认为,腺嘌呤(A)必须与胸腺嘧啶(T)配对,鸟嘌呤(G)必须与胞嘧啶(C)配对,由于现在发现还有很多不同的碱基,这条规则已经不适用,但是一定范围内可以这样认为。

特殊的碱基

5-溴尿嘧啶脱氧核糖核苷(5-BrdU):

  • 5-BrdU 是一种合成的核苷类似物,其结构特征为胸腺嘧啶的 5 号位甲基被溴原子取代,形成溴代嘧啶环。

  • 5-BrdU 与胸腺嘧啶(T)竞争,与腺嘌呤(A)配对,可以通过免疫荧光染色显示增殖细胞(绿色荧光)。

  • 5-BrdU 具有诱变性,致癌。

二腺嘌呤(Z):

  • Z 是一种嘌呤类碱基,与腺嘌呤(A)相比,在 2 号位位置多了一个氨基(-NH₂),使得它与胸腺嘧啶(T)配对时能形成三个氢键(A 与 T 仅有两个氢键),显著增强了碱基对的稳定性。

  • Z 最早于 1977 年在蓝细菌噬菌体 S-2L 的基因组中被苏联科学家发现,其完全取代了腺嘌呤,成为噬菌体 DNA 的组成碱基。近年研究发现,含有 Z 基因组的噬菌体分布广泛。Z 基因组的合成系统(如 PurZ 酶)可能起源于古菌,并通过水平基因转移传播至噬菌体。

  • Z 与腺嘌呤(A)竞争,与胸腺嘧啶(T)配对,其引入改变了 DNA 的理化性质,可能影响蛋白质与 DNA 的相互作用。从而 Z-DNA 对细菌的限制性内切酶具有抗性,因为宿主酶无法识别 Z-T 配对,从而保护噬菌体基因组不被切割。Z 的合成涉及多酶系统。

‌次黄嘌呤(I):

  • 次黄嘌呤是嘌呤的衍生物,其结构与腺嘌呤相似,但缺少氨基(-NH₂),取而代之的是酮基(C=O)。

  • I 可以与 A、U、C 三个碱基配对(摆动配对),这加强了密码子的简并性,提高了翻译效率。次黄嘌呤可能参与 DNA 错配修复,但其在 DNA 中的异常积累也会导致双链不稳定

  • 次黄嘌呤是嘌呤分解代谢的核心分子,腺嘌呤通过脱氨酶作用生成次黄嘌呤,次黄嘌呤在黄嘌呤氧化酶(XO)催化下,依次转化为黄嘌呤和尿酸,最终通过肾脏排出。此过程伴随活性氧(如 H₂O₂)的产生,可能与氧化应激相关。

  • 黄嘌呤氧化酶活性过高会导致尿酸积累,引发痛风;而次黄嘌呤的异常积累与缺氧、肝损伤等病理状态相关。作为黄嘌呤氧化酶抑制剂,别嘌呤醇通过阻断次黄嘌呤向尿酸的转化,减少痛风患者的尿酸积累。Amplex Red 试剂盒通过检测次黄嘌呤氧化生成的 H₂O₂,定量分析生物样品中的次黄嘌呤含量。


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